História evolutiva e hospedeiro intermediário : análises de espécies cruzadas de SARS-CoV-2.
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| coronavírus |
Abstrato
Para investigar a história evolutiva do recente surto de coronavírus que causa a síndrome respiratória aguda grave (SARS-CoV-2) na China, um total de 70 genomas de cepas de vírus da China e de outros países com datas de amostragem entre 24 de dezembro de 2019 e 3 de fevereiro de 2020 foram analisados. Para explorar o potencial hospedeiro animal intermediário do vírus SARS-CoV-2, reanalisamos os conjuntos de dados de viroma de pangolinas e isolados representativos de coronavírus relacionados a SARS de morcegos, com especial atenção ao gene da glicoproteína de pico. Realizamos filogenética, rede dividida, rede de transmissão, mapeamento de probabilidade e análise comparativa dos genomas. Com base na análise filogenética bayesiana em escala temporal usando o método de datação por ponta, estimamos o tempo até o ancestral comum mais recente e a taxa evolutiva de SARS-CoV-2, substituições por site por ano, respectivamente. Nossos resultados também revelaram que o vírus BetaCoV / morcego / Yunnan / RaTG13 / 2013 era mais semelhante ao vírus SARS-CoV-2 do que o coronavírus obtido nas duas amostras de pangolim (SRR10168377 e SRR10168378). Também identificamos uma inserção exclusiva de peptídeo (PRRA) no vírus SARS-CoV-2 humano, que pode estar envolvido na clivagem proteolítica da proteína spike por proteases celulares e, portanto, pode afetar o alcance e a transmissibilidade do hospedeiro. Curiosamente, o coronavírus transportado por pangolins não tinha o motivo RRAR. Portanto, concluímos que o vírus SARS-CoV-2 humano, responsável pelo recente surto de COVID-19, não veio diretamente dos pangolins.
Author information
Hubei Engineering Research Center of Viral Vector, Wuhan University of Bioengineering, Wuhan, China.2Immunology Innovation Team, School of Medicine, Ningbo University, Ningbo, China.3Precision Cancer Center Airport Center, Tianjin Cancer Hospital Airport Hospital, Tianjin, China.4Department of Microbiology, Weifang Center for Disease Control and Prevention, Weifang, China.5HIV Databases, Theoretical Biology and Biophysics Group, Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, New Mexico.6Department of Medicine, University of California San Diego, La Jolla, California.
