Banco de dados de sequências de SARS-CoV-2 coletadas em todo o mundo

Banco de dados de sequências de SARS-CoV-2 coletadas em todo o mundo desde que o vírus se espalhou pela primeira vez em humanos .

variantes comumente discutidas em  gisaid.org/variants

Como visto em muitas ocasiões antes, as mutações são naturalmente esperadas para vírus e, na maioria das vezes, são simplesmente marcadores regionais neutros úteis para rastreamento de contato. As mudanças observadas raramente afetaram a aptidão viral e quase nunca afetaram o resultado clínico, mas os efeitos detalhados dessas mutações ainda precisam ser determinados completamente. As alterações na proteína spike têm relevância para os efeitos potenciais tanto no receptor do hospedeiro quanto na ligação do anticorpo, com possíveis consequências para a infectividade, potencial de transmissão e escape de anticorpo e vacina. Os efeitos reais precisam ser medidos e verificados experimentalmente.

GISAID relata atualizações sobre mutações de pico de submissões recentes via gisaid.org/spike e qualquer sequência pode ser testada para mutações de pico em gisaid.org/covsurvere da interface de análise interna, onde países / regiões individuais e períodos de tempo podem ser selecionados para análise personalizada. Isso permite destacar e rastrear o aumento de mutações como D614G ou as mutações de ligação ao receptor atualmente mais comuns S477N (parte de grande surto de Melbourne do clado GR e alguns clusters de GH do clado da Europa Central), N439K (surto de longa duração no Reino Unido com clade G e transbordamento europeu ), N501Y (parte da nova variante do Reino Unido VUI-202012/01 no clado GR, bem como um recente surto de GH do clado na África do Sul) e Y453F (adaptação de vison e parte de surtos limitados), bem como combinações dessas mutações com alterações de deleções a superfície da proteína do pico.

Como se tornou evidente, essas poucas mutações do gene S e algumas deleções são encontradas em vários contextos genômicos (diferentes clados em diferentes países), o que pode ser uma indicação precoce de alguma vantagem potencial para esses vírus, mas precisa ser verificada e não significa necessariamente mudança na gravidade clínica ou eficiência de transmissão.

GISAID está rastreando a ocorrência e disseminação de variantes comumente discutidas em gisaid.org/variants