Ondas sucessivas de Covid-19 foram impulsionadas por novas variantes. No verão de 2020, a variante B.1 varreu o mundo, recuando no outono. O inverno de 2020 trouxe a variante Alpha, que também caiu no esquecimento. Em seguida, a variante Delta alimentou outra onda, primeiro na Índia e depois em todo o mundo, novamente recuando no outono. Mais recentemente, a cepa BA.1 de Omicron alimentou o maior pico até o momento, atingindo o pico no final de janeiro. Uma nova onda, impulsionada por outra variante, BA.2, que compartilha um pai comum não detectado com BA.1 está desencadeando outra onda de infecções na Europa e estabeleceu uma posição firme nos Estados Unidos.
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| Diagrama de Venn mostrando as semelhanças e diferenças entre BA.4 e seu irmão variantes: BA.1, BA.2 e BA.3. Aqueles com um * são encontrados em dois, mas não em três de BA.1, BA.2 e BA.3, bem como BA.4. |
Todas as variantes de interesse até o momento parecem surgir por mutações de um pai anterior. As mutações incluem substituições simples de ácidos nucleicos, bem como pequenas deleções e inserções. Isso de forma alguma esgota o repertório de variação genômica do coronavírus. Betacoronavírus, como o genoma do SARS-CoV-2, podem sofrer rearranjos e recombinação de sequências internas, a troca de uma parte do genoma por um vírus intimamente relacionado. Dois desses recombinantes foram descritos recentemente, uma recombinação Omicron-Omicron e um recombinante Delta-Omicron. Aqui descrevemos o recombinante Omicron-Omicron, dada a designação preliminar Omicron BA.4.
Até agora, as aparições de BA.4 ao redor do mundo são muito poucas. Houve quatro sequências confirmadas da cepa na África do Sul, uma nos EUA e uma em Porto Rico até 16 de março. Este é o número de sequências na base de dados GISAID. O número real de infecções por este recombinante pode ser muito maior, especialmente porque Omicron BA.1 e BA.2 continuam em fúria.
A interpretação mais simples da origem de BA.4 é um evento de recombinação entre BA.1 e BA.3. É provável que BA.3 contribua com a porção do genoma que se estende desde a extremidade 5' até a metade do gene NSP3 do complexo de replicação (cerca de 2.000 aminoácidos). O restante é plausivelmente contribuído por BA.1. A anomalia é uma única mutação em NSP6 encontrada em BA.1, mas não em BA.3 ou BA.4. Isso também pode ser coincidência, pois muitos vírus SARS-CoV-2 sofrem mutação no NSP6 de 105-108, embora não possamos ter certeza.
Observamos que duas mutações são exclusivas de BA.4 Estas incluem as mutações em NSP15 (N11S) e no domínio N-terminal da proteína Spike (L212I). Propomos que essas duas mutações surgiram na pós-recombinação BA.4.
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Eventos de recombinação entre coronavírus intimamente relacionados são esperados. Por exemplo, cientistas do Instituto Pasteur sugerem que um vírus de morcego isolado no Laos que se assemelha muito ao SARS-CoV-2 é o produto da recombinação entre pelo menos quinze outros coronavírus de morcego. A recombinação requer que um único hospedeiro seja infectado simultaneamente por dois vírus diferentes. A co-infecção de Omicron BA.1 e BA.2 foi relatada por pesquisadores na Dinamarca . Embora raros, os pesquisadores identificaram 47 casos de reinfecção rápida de BA.2 logo após BA.1, indicando que um evento de recombinação pode ocorrer em tais hospedeiros.
Os relatórios recentes provavelmente serão apenas o começo do próximo capítulo do SARS-CoV-2, no qual emerge uma faixa de recombinantes variantes. Atualmente, é muito cedo para prever se os recombinantes terão novas propriedades biológicas, incluindo maior transmissibilidade, evasão imune e patogênese.
William A. Haseltine
cientista, empresário, autor e filantropo. Por quase duas décadas, foi professor em Harvard..
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